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病毒宏基因组/宏病毒组测序分析
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发布日期:2020-02-22
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详细介绍

实现未知病原的鉴定依赖二代测序技术(NGS)之宏基因组技术(metagenomics),因此病原微生物测序也叫mNGS。该技术对样本中的核酸进行无差别的测序,无需引物扩增。通过该技术对核酸进行测序,结合特定的生物信息学分析方法和庞大的数据库,可以在一次实验中实现对所有病原微生物的鉴定,包括细菌、真菌、病毒、寄生虫等。该技术仅需在进行核酸处理前确定检测范围并根据实际的目的处理样本即可。

宏基因组(metagenomics)技术是随着高通量测序技术的兴起而发展起来的。该技术主要是使用大量微生物群体样本的测序数据和生物信息学分析手段,以多种数据库为基础,进行群体的种类和功能分析。因此,它主要的应用场景在于微生物群体研究,如肠道微生物、皮肤微生物、口腔微生物、水体微生物、土壤微生物等。一直以来宏基因组技术都是在细菌领域使用。由于病毒样本收集难、文库构建繁琐、数据库不完善等原因,宏基因组未能在病毒层面广泛应用。尤其RNA病毒,难以通过常规的mNGS技术获得很好的结果。上海探普生物科技有限公司立志专门解决病毒方向的基因组研究难题,开发了整套的样本处理和生信分析流程,用于病毒宏基因组(viral metagenomics)的研究和应用。

探普为病毒样本准备了完善的送样指南文档,联系工作人员即可获得。微信/电话:13166221237;QQ:380467011. 联系人:喻利。

测序的流程图如下(不定时更新,仅供参考):

从获得微生物的核酸开始,实验流程和其他微量核酸文库构建实验无异,其分析流程:

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