一个有机体可能同时感染多个病毒，呈现复合感染的症状。当要研究多种病毒同时存在的样本中的病毒基因组序列时，可以说是困难重重。逐个进行引物设计然后分段PCR，再进行一代或者二代测序耗时耗力，且成功率低。

探普的技术可以在混合样品中获得非同种属及同种属相似度较低的所有病毒全基因信息（要求病毒拷贝数不能过低），目前完成的项目举例：

轮状病毒和流感病毒混合感染；

α-冠状病毒和Δ-冠状病毒的混合感染；

两株星状病毒的混合感染；

两株流感病毒的混合感染等；

圆环病毒和盖他病毒的混合感染等