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探普基因组测序技术对于病毒研究的意义何在?
发表时间:2019-05-30     阅读次数:1327     字体:【

探普基因组测序技术对于病毒研究的意义何在?

——摘自公众号“探普生物”

一直以来,病毒基因组测序都是疾病诊断、流行病学调查和宿主-病原关系研究的重要手段。病毒的全基因组测序以及对应的生物信息学分析方法是研究病毒进化、毒力因子变异、疫病爆发之间的关系、疫病传播途径、不同遗传变异的分布模式、疫病发生地理区域的基础。

与传统Sanger测序相比,NGS技术的发展使得一个小的研究小组可以拥有大量病毒株的全基因组序列,测序成本也在逐步降低。由于NGS产生的数据量非常庞大,其序列拼接难度也随之增加。而且对于低浓度高复杂度的样本,研究者除了PCR外别无他法。而PCR方法往往具有偏好性,丢失的片段将为序列组装带来非常高的失败率。对于完全未知的样本,无法通过PCR进行富集,要鉴定其种类需要调用各种方法,逐个尝试,工作量之大,其效率之低,使得一个新的研究方法的出现及其必要。

探普基于长期的NGS样本处理经验,在大量样本实验基础上研发了一整套针对病毒基因组的样本处理和生信算法。处理微量/复杂样本,拼接出全基因组序列在探普都不再难以实现。对于未知病原,我们也多了一个快捷可靠的技术选择。

 
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